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吉林省水产科学研究院成立于1959年12月，隶属于吉林省农业农村厅，是省内唯一的省级水产科研机构，公益一类事业单位，加挂吉林省渔业生态环境及水产品质量监督检测中心牌子，设有二级法人单位吉林省水产科学研究院实验站，建有国家大宗淡水鱼产业技术体系长春综合试验站、国家水产种质资源平台长春保存基地，以及吉林省水产科学研究院东丰综合试验基地。吉林省水产学会和吉林省渔业标准化技术委员会秘书处均设在我院。院址位于长春市经济技术开发区昆山路1195号，总占地面积10000平方米，科研、检测、办公等建筑面积合计6898平方米。拥有国内外先进的大中型仪器设备上百台（套），试验检测设备齐全，手段先进。
吉林省水产科学研究院编制51人，领导职数3人，现有在职职工47人，其中专业技术人员44人、管理人员1人、工勤人员2人。正高级职称13人，副高级职称17人，博士2人，硕士21人。省有突出贡献的中青年专业技术人才4人，省拔尖创新人才4人。获得吉林省人才分类定级13人，其中C-类人才3人，D+类人才1人，D类人才2人，D-类人才1人，E类人才6人。全院内设12个部门：总工办、办公室、党办、科教处、财务处、种质资源研究所、渔业生态研究所、特种水生动物研究所、养殖研究所、大宗试验站、检测室、业务室。承担全省水产科学理论、应用技术研究，开展国内外名优鱼类品种引进、繁育，土著名优品种开发利用，池塘健康养殖新技术，鱼类种质资源和生物多样性保护，鱼类遗传育种和生物技术，水生动物疫病防治，鱼类营养，大水面增养殖开发利用等研究；国家和省现代农业产业技术体系建设任务，行业和地方标准制定，全省渔业资源调查评估和渔业水域生态环境监测与保护等。建院60年多年来，先后承担国家、省部、地市级科研项目300多项，获得国家及有关部门各级奖励80余项，发表学术论文和专著400余篇（部），获得专利20多项。这些成果已经成为引领吉林省渔业高质量发展，实现乡村振兴和农渔民增收致富的重要的技术支撑。
2009年，研究院成为吉林省现代农业产业技术体系渔业创新团队的技术依托单位，十几年来，面向产业的重大需求，围绕水产种质资源保护、土著濒危鱼类全人工繁育、池塘和大水面生态增养殖、鱼类病害防治和养殖药物安全使用、新品种引进、稻渔综合种养等领域开展攻关，突破产业技术瓶颈，取得多项创新性成果，成果应用面积400余万亩，创产值10亿元以上。
2008年研究院承担了国家现代农业产业技术体系建设项目，建立了国家大宗淡水鱼产业技术体系长春综合试验站，负责吉林省的研发、试验示范工作，为我省渔业发展增添新的对外窗口。十多年来，针对吉林省面临的资源、环境及食品安全等问题，开展大宗淡水鱼类产业发展的储备性、跟踪性和前沿性调研研究。引进松浦镜鲤、福瑞鲤、异育银鲫“中科3号”、长丰鲢等优良品种10余个，累计引进苗种2.54亿尾。通过开展规模化繁育和健康养殖技术示范推广，对促进我省养殖品种结构调整和渔民增收起到重要作用。
国家水产种质资源长春保存基地，保存我省10余种名优鱼类种质资源信息，初步形成了吉林省水产种质资源保藏体系，对我省濒危鱼类资源恢复意义重大。
吉林省水产科学研究院将继续开拓创新，为吉林现代渔业高质量发展提供科技支撑。
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